在中医看来，自闭症的病因病理多属于先天不足，后天失养，肝肾亏损。因为肾藏精，主生长发育与脏腑气化，在体合骨生髓，髓分骨髓、脊髓、脑髓，皆由肾精所化。所以，肾中精气的盛衰不仅影响着骨骼的生长和发育，而且也影响着脊髓和脑髓的充盈和发育。脊髓上通于脑，髓聚而成脑，故称脑为髓海。肾中精气充盈，则髓海得养，大脑就会发育健全。另外，藏象学说中有“肝藏魂”之说，魂乃神之变，是神所派生之物，神和魂一样，都是以血为其主要物质基础。心由于主血所以藏神，肝藏血所以藏魂。肝的藏血功能正常则魂有所舍。若肝血不足心血亏损，则魂不守舍。心之声为言，心气不足，则神窍不利。心主神明，若心气虚弱脑髓未充，则神气不足，故智力不全、精神呆钝。
中药口服
中药能够充分体现中医辨证论治的特点。根据小儿的生理特点，结合每个小朋友的实际情况来调配，可谓是“量身定做”。随着现代科技发展，现在中药剂型也多种多样。除了有传统的煎煮的中草药饮片，还有只需用开水冲泡的中药剂型。剂型的变化同时减少了中药“苦”味，让小朋友相对容易接受。
小儿推拿
小儿推拿属中医传统治疗手法，是在中医理论指导下，以轻柔的推拿手法作用于孩子体表特定穴位，起到治疗疾病及预防保健作用的一种治疗方法;
小儿推拿治疗小儿自闭症，头面部醒脑益智点穴按摩法手法以点按、揉为主。
宁神定志镇静：选穴百会、四神聪、安神;神门。促进语言发育：选穴风池、风府、翳风;哑门，地仓;内关、劳宫。
这些穴位按摩可以改善儿童脾气暴躁，多动不安，注意力不集中，难以沟通，促进与人沟通。
经颅磁治疗仪治疗原理：输出特定能量的负极性重复性交变电磁，直接透过颅骨达到脑内较深层组织，作用在脑细胞和中枢神经上，使细胞带电量增加，携氧能力增强，改善脑细胞的代谢环境，增加代谢酶活性，使受损的脑细胞代谢加快，增加损伤细胞的可修复性。干扰和抑制异常脑电、脑磁的发生和传播，使脑电活动能力增强，促进脑功能的恢复，从而达到治疗和改善某些脑部疾病。经颅磁治疗仪因其无痛、非创伤的物理特性，实现人类一直以来的梦想—虚拟地损毁大脑探索脑功能及高级认知功能。与PET、FMRI、MEG并称为“二十一世纪四大脑科学技术”。 目前已经在各大医院得到临床应用，而家用经颅磁因小巧方便，对某一种疾病更具有针对性，且不需要医院家庭来回奔跑省心省力更受广大患者欢迎。